1994年某校教师李明在教学过程中经过自己独立研究，发明了一种教学仪器“球仪”，并通过了省级教委系统内部鉴定。之后，李明就“球仪”的发明申请了实用新型专利，获得国家专利局授予的专利权。其后，李明与当地教学仪器厂订立了专利使用许可合同。1997年，专利权人李明发现一中学买进的“球仪”与自己的发明完全相同，但不是上述被许可制造该专利产品的工厂生产的。经调查，该“球仪”的制造者是当地一家校办工厂组织生产的，该厂与教学仪器厂签订了生产许可合同。

问题：

(1)该案中的违法者是谁?说明理由。

(2)该校办工厂的行为是不是假冒专利的行为?为什么?

(3)李明可以通过哪些方法保护自己的专利权?

公司股权转让的约定是否合法?为什么?

公司利润分配和亏损承担方式是否合法?为什么?

公司组织机构设置是否合法?为什么?

甲、乙、丙三人的出资期限是否合法?为什么?

甲、乙、丙三个自然人拟共同投资设立一家生产文具用品的有限责任公司，三人草拟的公司章程规定：

(1)出资方式：甲，现金5万元；乙，劳务折价2万元；丙，机器设备3万元；

(2)出资期限：公司股东分两次出资，首次出资为现金5万元，由甲在公司领取营业执照后3日内缴清，第二次出资由乙、丙在首次出资后1年内缴清；

(3)组织机构：公司不设股东会，三人组成董事会行使股东会权力，乙和职工M任公司监事；

(4)利润分配和亏损承担方式：三人按照平均原则分配利润、分担亏损；

(5)公司股份转让：公司股东不得向股东之外的第三人转让股权，确需转让的，由公司购买，并办理注册资本变更登记事项。

根据上述材料，回答下列问题：

甲、乙、丙三人的出资方式是否合法?为什么?

对于乙公司的申请，如果专利复审委员会做出维持该专利权的决定，乙公司对该决定不服的，可以采取什么措施?

张某的外观设计的专利权是否从2008年1月开始起算?并说明理由。

外观设计具备哪些实质条件时，可以被授予专利权?

M公司以不可抗力为由拒绝支付违约金，应当符合什么条件?

中国公民张某在工作之余从事发明创造。2006年，张某与甲公司订立委托合同，为甲公司研究开发新产品的外观设计。设计完成后，甲公司认为方案没有达到理想效果，拒绝支付部分费用。张某遂以自己的名义向专利局提出专利申请。2008年1月，张某取得该外观设计的专利权。2008年3月，乙公司发现张某的外观设计方案与该公司2年前申请的同主题方案非常相似，于是请求专利复审委员会宣告该专利权无效。

根据上述材料，回答下列问题：

张某研究开发的外观设计，其专利申请权属于谁?并说明理由。